مقاله تایپینگ توالی چند مکانی پاتوژن

تحقیق پیش رو، مقاله ی ترجمه ای شده با عنوان تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن می باشد که همراه با متن اصلی تهیه شده است

Multilocus Sequence Typing of Pathogens

بخشهایی از متن پروژه

مقدمه

توانایی دقت تشخیص بین نژادهای پاتوژن های عفونی برای نظارت اپیدمیولوژیک کارآمد و تجزیه و تحلیل پایشی، مطالعه ساختار میکروبی جمعیت و پویایی و در نهایت، بهبود استراتژی های کنترل بهداشت عمومی در حال توسعه بسیار مهم است. برای پیشبرد چنین اهداف کلی، روش های مختلف تایپینگ مولکولی پیشنهاد شده که در بخشهای مختلف جهان، ایزوله ها (اپیدمیولوژی همه منظوره) و یا شیوع بیماری موضعی (اپیدمیولوژی محلی) مشخص می کند. با این حال، از سال 1998، "استاندارد طلایی" برای تایپینگ مولکولی پیشنهاد شده که تایپینگ توالی چندمکانی (MLST) نام دارد. MLST بر مبنای مفاهیم ژنتیکی خوب استقرار یافته جمعیتی و روش های الکتروفورز چندمکانی آنزیم (MLEE) ساخته شده، اما مزایای قابل توجهی نسبت به دیگر روش های تایپینگ دارد.MLST، تنوع نوکلئوتید در توالی قطعات داخلی بررسی می کند که اغلب هفت ژن اداره کننده (هاوس کیپینگ) را در بر می گیرد (به عنوان مثال، کدگذاری وظایف اساسی متابولیک). برای هر ژن، توالی های مختلف درون گونه ها به عنوان آلل مجزا شناخته شده و برای هر ایزوله، آلل ها در هر یک از هفت جایگاه، مشخصات آلل ها و یا نوع توالی (ST) را تعریف می کند. هر ایزوله به طور نامبهم توسط یک سری از هفت عدد صحیح مشخص شده که مربوط به آلل های در هفت جایگاه هاوس کیپینگ شده است. اکثر گونه باکتریایی تغییر کافی در ژنهای هاوسکیپینگ برای تدارک تعدادی آللها در هر لوکوس مهیا می کند و اجازه دسترسی میلیاردها پروفایل آللی متمایز برای استفاده مشخص با استفاده از هفت جایگاه می دهد. روش دیگر، شناسایی ایزوله و ردیابی می تواند با استفاده از داده های نوکلئوتید به طور مستقیم انجام می گیرد، هرچند این رویکرد بارها برای مطالعات جمعیتی بکار رفته است...

اپیدمیولوژی مولکولی و پویایی جمعیت

MLST محبوبیت گسترده ای به عنوان یک روش تایپ به دست آورده و استفاده از آن درک شما را به تکامل باکتری و بینش در اپیدمیولوژی بیماری های باکتریایی افزون نموده است. سهم عمده MLST برای ژنتیک های جمعیت باکتریایی، روشن سازی نقش نسبی نوترکیبی و جهش نقطه ایدر تاریخ تکامل نژادهای مختلف باکتری است. فلی و همکاران یک روش برای تخمین تاثیر نسبی نوترکیبی در مقایسه با جهش نقطه ای در تنوع کمپلکس های کلونال با استفاده از داده MLST توسعه دادند...